后来授职为暇丘县令。官吏中有个叫檀建的偷窃县里的东西,钟离意屏退左右私自问供,檀建叩头服罪,钟离意不忍心加刑罚,遣送他回家令他长期休假。檀建的父亲听到了,替檀建安排了酒席,对他说:我听说无道之君用刀杀人,有道之君用义代替杀人。你有罪,命该如此。于是令檀建服药而死。建武二十五年(公元50年),升为堂邑县令。县民防广为父报仇,被捕入狱,他的母亲病死了,防广哭泣不能进食。钟离意哀怜他,于是让防广回家,使他能为母亲办理丧事。丞椽都争论不能放人,钟离意说:罪人是我放回的,我坚守信义,决不连累你们。于是就放他走了。防广安葬母亲后,果然回来坐牢。钟离意秘密地上报其事,防广竟减除了死罪。显宗即位,钟离意被征拜为尚书。这时交阯太守张恢,因贪赃千金之罪,征回京师伏法。钱物等用簿本记载没收交大司农,朝廷下诏将赃物赐给群臣。钟离意得到一些珍珠,全部放到地上而不拜赐。显宗奇怪而问其原故,钟离意回答说:我听说孔子忍渴不饮盗泉之水,曾参听到胜母的地名而回车,讨厌其名字哩。这些肮脏的宝物,的确不敢拜受。显宗感叹道:尚书的话多么清正啊!于是改以库钱30万赐给钟离意,又升任他为尚书仆射。