三令五申是我国古代的军令，即军事纪律的简称，它最早出自《史记孙子吴起列传》：出宫中美女得百八十人，孙子分为二队约束即布，乃设斧，即三令五申之。
关于它的内容，宋代曾公亮撰《武经总要》，对三令五申有明确说明。所谓三令，一令观敌之谋，视道路之便，知生死之地；二令听金鼓，视旌旗，以齐其耳目；三令举斧，以宣其刑赏。所谓五申：一申赏罚以一其心；二申视分合，以一其途；三申画战阵旌旗；四申夜战听火鼓；五申听令不恭，视之以斧。
春秋时侯，有一位著名军事学家名孙武，他携带自己写的孙子兵法去见吴王阖庐。吴王看过之后说：你的十三篇兵法，我都看过了，是不是拿我的军队试试？孙武说可以。吴王再问：用妇女来试验可以吗？孙武也说可以。于是吴王召集一百八十名宫中美女，请孙武训练。
孙武将她们分为两队，用吴王宠爱的两个宫姬为队长，并叫她们每个人都拿着长戟。队伍站好后，孙武便发问：你们知道怎样向前向后和向左向右转吗？众女兵说：知道。孙武再说：向前就看我心胸；向左就看我左手；向右就看我右手；向后就看我背后。众女兵说：明白了。于是孙武使命搬出铁钺（古时杀人用的刑具），三番五次向她们申戒。说完便击鼓发出向右转的号令。怎知众女兵不单没有依令行动，反而哈哈大笑。孙武见状说：解释不明，交代不清，应该是将官们的过错。于是又将刚才一番话详尽地再向她们解释一次。再而击鼓发出向左转的号令。众女兵仍然只是大笑。
孙武便说：解释不明，交代不清，是将官的过错。既然交代清楚而不听令，就是队长和士兵的过错了。说完命左右随从把两个队长推出斩首。吴王见孙武要斩他的爱姬，急忙派人向孙武讲情，可是孙武说：我既受命为将军，将在军中，君命有所不受！遂命左右将两女队长斩了，再命两位排头的为队长。自此以后，众女兵无论是向前向后，同左向右，甚至跪下起立等复杂的动作都认真操练，再不敢儿戏了。
这故事原出于史记的孙子吴起列传。后来；人们把孙向女兵再三解释的做法，引伸为三令五申，即反覆多次向人告诫的意思。例如某地政府向食品商店屡次告诫食品要清洁卫生，以免损害顾客健康，我们便可说：对于食品商店要保证清洁卫生，政府已三令五申：大家都早已知道了。