学校创立于2003年，2008年易地新建。2009年8月，高邮市车逻中学整体并入，2014年8月，高邮市甸垛中学整体并入，学校于2012年4月晋升为江苏省三星级普通高中。学校是一所独立设置的高中，拥有事业单位独立法人和组织机构代码。
自办学以来，我校以“一切从做人开始”为校训，坚持“以人为本，全面发展，尊重个性，为学生终身发展奠基”的办学理念，构建了“和谐、竞争、拼搏、超越”的校风、“博学、敬业、厚德、爱生”的教风、“勤学、好问、善思、力行”的学风，走出了“用德育铸造灵魂，用体育砥砺精神，用科研助推发展，用创新力求突破”的内涵发展之路，学校各项工作全面步入规范化、科学化和法制化轨道。
近几年来，学校在管理机制、课堂教学模式、教研形式和德育措施等方面，常出新招，成效显著。年级组实行“级部AB双轨制”的管理模式，将竞争机制充分引入管理中，教育教学质量大幅度提升；“五制改革”（年级组长负责制、教师选聘制、班主任选岗制、备课组长选聘制和绩效工资制），激发了教师的活力，增强了发展的动力；“生本课堂”模式，创设了合作、交流和探究的舞台，有力加快了教师教学方式与学生学习方式发生转变的进程；“一级一带”管理机制的创新，为学校的长足发展筑起了高地；“一课一研”制度的推行，为将教科研成果转化成课堂教学的生产力提供了平台；“励志成才”教育，细化在班歌、班会、班级口号、班级公约等各项班级和学校的各项活动之中，成为学生成人成才的思想动力。如今，“有效德育”、“实效教研”、“高效课堂”和“高端管理”成为牵引学校前进的四股强大引擎，从学校到班级，从教师到学生，从制度建设到措施落实，从教学一线到后勤服务等方面都被装上了驱动装置，发展的动力深入到学校的每一环节，在今天的二中，“我要发展”成了每一个二中人的强力诉求，是二中人“精气神”的鲜明标识，“跨越式发展”是学校这几年办学历程的真实写照。这里像革命战争年代的延安，是那么朝气蓬勃，是那么前景无限。
几年来，学校各项事业取得了长足进展，尤其是教育教学质量得到了大幅度的提高，学校综合排名已从位于扬州40所普通高中的28位左右跃居于13位左右，在同类高中中已经跃居第一，艺体教育更是异军突起，多年来，艺体教育教学水平在扬州市稳居第一，艺体教育为学生多元成长提供了广阔的发展舞台。省教育厅领导多次视察我校，对我校的发展给予高度肯定，扬州市教育局领导多次在全市教育教学工作会议上，表扬我校的办学成果，并向与会者介绍我校的成功办学经验。扬州市副市长董玉海更是称赞我校为“在高邮城东新区冉冉升起、喷薄而出的一轮震动高邮教育乃至扬州教育的红日”。
学校现有全国优秀教师1人，高邮市名校长1人，扬州市教育“十大新闻人物”1人，高邮市教育“十大新闻人物”1人，扬州市“十佳师德标兵”4人，扬州市优秀班主任4人，扬州市高中教育先进个人8人。高级教师57人（特级教师1人），中学一级教师110人，硕士研究生29人（含在读），扬州市级学科带头人10人、教学骨干及教坛新秀15人，高邮市级学科带头人、教学骨干和教坛新秀51人，一批优秀的教师群体队伍已经形成。学校现有46个教学班，在校学生数 2341人，班均生数 50.9人，其中高一年级班均生数51 人，高二年级班均生数 50.4人，高三年级班均生数 51.3人。
三校合并办学以来，我校充分吸收借鉴两校（原车逻中学、原甸垛中学）成功的办学经验，继承两校悠久的办学传统，三校合一，取长补短，两校都曾为国家输送了大批高素质的优秀人才，毕业生遍布海内外，许多人已成为国家政治、经济、军事、外交、科技、教育、文学、艺术等方面的杰出人才，尤其是车逻中学有50多年的办学历史，有过卓越办学成绩，曾培养出2006年的高邮市高考状元。“丘山积卑而为高，江河合水而为大”，我们以播撒真知、传承文明、树德育才、科教兴国为己任，开拓进取，锐意创新。学校先后获得“江苏省文明校园”、“江苏省平安校园”、“江苏省一级图书馆”、扬州市“规范收费学校”、扬州市“依法治校示范校”、扬州市“数字化校园”、扬州市“优美校园”等荣誉称号。近几年来，我校遵循“以人为本，全面发展，尊重个性，为学生终身发展奠基”的办学理念，与时俱进，努力拼搏，学校各项工作再上新台阶。自2012年9月以来，学校先后获得“江苏省科普示范校”、“江苏省节能先进型学校”、“扬州市绿色学校”、“扬州市教科研示范校”等荣誉称号。
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