作者：章太炎
章太炎被监禁，直到民国五年（1916年）袁世凯死后才被释放
民国二年（1913年）4月，章太炎从长春返回上海。7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”。他既骂袁世凯“用心阴挚，正与西太后大同”，又说孙中山“与项城一丘之貉”。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”。以为“若为久远计，凡一政党，非有实业为中坚，即有侠士为后应，无此即不足以自树。非实业则费用不给，而政府得以利用之矣；非侠士则气势不壮，而政府得以威喝之矣”。 以为总统改选，“大抵仍宜推举黄陂，必不肯任，然后求之西林”。“黄陂之廉让，可望责任内阁；西林之果毅，可望廓清贪邪”。黎元洪（黄陂）也好，岑春煊（西林）也好，都是清朝旧官僚，民国新军阀，章太炎对这些人寄以厚望，他已彷徨歧途了。
6月，章太炎与汤国梨结婚。8月，章太炎“冒危入京师”，一方面看到“京邑崎岖，道路以目”，以为“吾虽微末，以一身撄暴人之刃，使天下皆晓然于彼之凶戾，亦何惜此孱形为”，表示不畏强暴，敢临虎穴；另一方面又以为“共和党势渐扩张，此为可熹”， “连日议员入党者，已增三十人矣，骥老伏枥，志在千里，况吾犹未老耶？”但是，袁世凯对章太炎还是不肯放松，对他加紧迫害，把他软禁起来，梁士诒、赵秉钧等还欲“捏造证据，置章于死”。
民国三年（1914年）1月，章太炎欲乘车离京，为军警所阻。7日，“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯之包藏祸心”，仍被监禁。曾决意绝食，“以死争之”，自云：“不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，吾何言哉！”直到民国五年（1916年）袁世凯死后，才被释放。在监禁期间，编成《章氏丛书》初编。
章太炎被推举为国史馆长，筹划反对张勋的复辟举动
民国五年（1916年）6月，章太炎由北京南返。这时，孙中山也在上海，曾两电黎元洪规复约法，尊重国会；章太炎也认为“约法、国会，本民国固有之物，为袁氏所摧残”，主张维护。此后，他多次和孙中山一起参加会议，基本主张与孙中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇庆，去看望岑春煊，更出游南洋群岛，一直到年末才回国。孙中山致电黎元洪，认为章太炎“硕学卓识，不畏强御，古之
良史，无以过之，为事择人，窃谓最当”，推举章为国史馆长。
民国六年（1917年）3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。5月7日，国会讨论参战案；10日，段祺瑞组织“公民请愿团”等，包围国会，殴辱议员。章太炎和孙中山两次致电黎元洪，要求严惩“伪公民犯法乱纪之人”，“严惩暴徒主名”，“勿令势要从旁掣肘”。6月7日，张勋率军北上，与段派集议，电黎“调停须先解散国会”。孙、章联电陆荣廷等南方各省督军、省长，指出：“调停战事之人，即主张复辟之人；拥护元首之人，即主张废立之人。”“叛人秉政，则共和遗民必无噍类”。又联名致电陈炯明：“国会为民国之命脉，调和乃借寇之资粮”，“今者群盗鸱张，叛形已著，黄陂与之讲解，实同降伏” 。
7月1日，张勋复辟。3日，章太炎与海军总长程璧光等在孙中山的住处秘密商议，筹划反对张勋的复辟举动。接着，与孙中山、廖仲恺、朱执信、何香凝乘海琛舰由上海启程赴广州，于7月17日抵粤。当有人询以讨逆计划时，章太炎即答以：“余此次偕孙中山来粤，所抱之希望颇大”，“讨逆之举，即为护法而起，惟不违法之人而后可以讨逆”。永丰、同安、豫章三舰抵达黄埔，孙、章一起前往迎迓。广东各界开欢迎海军大会，孙中山、程璧光到会，章太炎亦参加。9月1日，国民非常会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，章太炎任护法军政府秘书长，《大元帅就职宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中说：“民国根本，扫地无余，犹幸共和大义，浃于人心，举国同声，誓歼元恶”，誓“与天下共击破坏共和者”。 此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。当他抵达昆明后，多次向唐继尧进言，促唐继尧东下，但唐继尧始终是托故不出。