作者：司马元显
司马元显虽年纪轻轻却是果断敏锐，以社稷安危为已任，领兵讨灭王恭
隆安元年（397年），青兖二州刺史王恭以讨伐王国宝之名起兵，成功逼使司马道子赐死王国宝并处死王绪。
当时司马元显十六岁，担任侍中，很厌恶王恭，劝说父亲司马道子讨灭他。司马道子于是以司马元显为征虏将军，并将自己原卫将军府（曾纳入骠骑将军府）和徐州刺史府属僚拨给司马元显。
隆安二年（398年），王恭以讨伐司马道子心腹谯王司马尚之的借口再度举兵，更联同了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄、豫州刺史庾楷。面对如此情形，司马元显力主司马道子讨伐，但司马道子没有对策，不知所为，只得终日喝酒，将讨伐之事都交托给司马元显。司马元显虽然年轻，但聪明且多所涉猎，果断敏锐，以社稷安危为已任，连与他一起开会讨论的人都称他有晋明帝神武之风。司马元显于是受命为征讨都督、假节，统率王珣、谢琰等对抗王恭，司马尚之亦参战。
起初司马尚之击败了庾楷，但荆州来赴的桓玄及后却大败司马尚之等人，并且进军石头城。司马元显于是从竹里撤还建康，并率王恺、桓放之、温详等守戍石头城抵抗桓玄等，又以王珣和谢琰分戍北郊及宣阳门守备。另一方面，司马元显得知王恭部下北府军将领刘牢之对王恭甚为忿恨，于是派了庐江太守高素去游说他叛离王恭，并许诺事成后以刘牢之接任王恭之位。刘牢之最终归降朝廷，并倒戈进攻王恭，致使王恭兵败被擒，再押解京城处死了他。
王恭死后，殷仲堪等荆州军团退守寻阳，拒绝接受朝廷任命。由于朝廷不知荆州军团的虚实，于是司马元显仍以严兵相拒，情势紧张，内外忧惧。司马道子命司马元显领甲杖百人入殿防卫。不久，加司马元显散骑常侍、中书令，兼领中领军，持节、都督如故。同年殷仲堪终接受朝廷安抚，各还其州，危机才得以解决。
司马元显暗中操作解除了司徒及杨州刺史的职务，以夺权执政
隆安三年（399年），司马道子患病，同时亦沉溺饮酒，每天都在酒醉中。司马元显知道父亲的声望已不再，于是暗示朝廷解除其司徒及扬州刺史职务，并自任扬州刺史。司马道子知道后大怒但不能作什么。司马元显自以年轻，不想短时间内接受父亲两项重要职位，于是以琅邪王司马德文为司徒。同时司马元显信任庐江太守张法顺，以其为谋主，又树立自己的党羽，桓谦以下的门阀权贵子弟都与其交往。