乾隆二十年，清廷释放了霍集占，但不久霍集占就乘机逃回喀什噶尔，与清军反目

霍集占年幼时就被准噶尔汗策妄阿拉布坦关押在伊犁
霍集占年幼时与其父、兄被准噶尔汗策妄阿拉布坦关押在伊犁。乾隆二十年（1755年）五月，清朝派兵灭准噶尔汗国，释放了波罗尼都和霍集占，命波罗尼都前往叶尔羌招抚旧部，霍集占留在伊犁。不久，阿睦尔撒纳在原准噶尔地区发动叛乱，霍集占乘机逃回喀什噶尔，组织人民借此机会摆脱控制，与清军展开战斗。

霍集占被清军打败后逃到阿富汗巴达赫尚，后被巴达赫尚国王苏勒坦沙在杀死
1758年秋天，定边将军兆惠统兵3000进攻叶尔羌，久攻不下，屯兵黑水河边，称为黑水营。坚守三月。1759年1月，清朝援军到达，大破大小和卓木军。大小和卓分别撤至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔，“共计收获贼众一万二千余人，军器二千余件，驼骡牛羊万余”。大小和卓又逃往阿富汗巴达赫尚。巴达赫尚国王苏勒坦沙在将二人杀死。波罗尼都之子萨木萨克逃居浩罕汗国，后来萨木萨克及其子张格尔又数度策划复国。