作者：郑经
郑经和耿精忠交恶，直到永历廿九年，耿精忠履行之前的约定，才停止争斗
1674年4月21日（康熙十三年），耿精忠响应吴三桂发起的三藩事变，以提供战船给郑经，换取出兵，郑经答应。五月，郑经从台湾出发，抵达厦门，要求耿精忠将漳州、泉州交给自己。耿精忠这时已经拥有整个福建，认为郑经兵力太少，早已取消和他共同作战，拒绝郑经的要求。郑经于是占领海澄、同安，耿精忠则以断绝和郑经贸易作为报复，双方开始交恶。
但是泉州、漳州、潮州陆续投靠郑经，耿精忠见郑经声势逐渐高涨，向他交涉，希望将泉州交还，郑经不允许。耿精忠决定用武力夺回泉州，郑经派刘国轩于涂岭（今泉港区涂岭镇）击退耿军，接着又为了争夺漳浦而发生战斗。直到永历廿九年（1675年）正月，耿精忠履行之前的约定，提供5艘战船给郑经，并以枫亭（今仙游县枫亭镇）为界线，北方属耿精忠、南方属郑经，双方才停止斗争。
郑经虽于之前两次击退广东的清军，仍然有潮州府的辖县不肯服从。与耿精忠和解之后，郑经打算南征潮州，他先派刘国轩击败尚之信，自己率军抵达海澄。这时漳州守将黄芳度私底下和清朝联系，郑经怀疑他的忠诚，要他出城和自己见面、或者是派兵一同进攻，这两项命令黄芳度都不服从，并于六月举兵反抗。郑经亲自包围漳州，于十月初六（11月22日）将漳州攻陷，迫使黄芳度投井自杀。为了报复黄梧破坏郑家祖坟，郑经车裂黄梧、黄芳度的尸体，黄芳度留在漳州的族人都被处死。
1676年（康熙十五年），尚之信再次遭郑军击败，只得加入三藩反清阵营，并将惠州割让给郑经。这时郑经已经拥有漳州、泉州、潮州、惠州四座首府，但附近都是盟友，没有清军的领土让他夺取，因此容易因领土争夺和盟友起冲突。五月，耿精忠打算会合吴三桂进攻江南，征召汀州总兵刘应麟出师，刘应麟不愿派兵，暗中联络郑经，攻下汀州。
这件事造成郑、耿同盟再次破裂，耿精忠面临郑、清包围，只好向清朝投降。少了耿精忠，郑经必须直接对抗清军主力，他先派3万人进攻福州，却于十月十五（11月20日）在乌龙江被清军击败，其他领地也相继失守，郑经只得退回厦门。
郑经建造园亭为其在台湾的行馆以及安养母亲董氏之所，现为国家二级古迹
郑经战败后，试图坚守厦门。他派出将领防守福建、粤东、浙南沿海的岛屿，稳定军心，等到刘国轩返回厦门，郑经任命他统帅大军，准备反攻闽南。1677年和谈中，清朝康亲王杰书向郑经许诺，如果郑军撤离大陆沿海岛屿，退守台湾，就答应台湾变为藩属，与台湾“通商贸易，永无嫌猜”。
1678年3月10日（康熙十七年二月十八），郑经派遣刘国轩先攻下虎渡桥，切断漳州、泉州的联系，经过约3个月的包围，于7月28日（六月初十）攻陷海澄，但接下来在漳州、泉州一带的战斗，都没取得决定性的胜利，战况出现僵局。1678年和谈中，清朝将领赖塔给郑经信称，如果郑军肯退守台湾，则“本朝何惜海外一弹丸之地”，郑氏可永据台湾，“从此不必登岸，不必剃发，不必易衣冠。称臣纳贡可也，不称臣，不纳贡亦可也。以台湾为箕子之朝鲜，为徐福之日本”。十二月，清朝再度恢复迁界令，北从福州、南到诏安的沿海都设立要塞， 并且盖围墙当作界线，使得郑氏王朝的商业活动大受打击，无法再透过贿赂清将进行交易。 经过多年的征战，郑氏王朝的财务已经严重透支，军队又缺乏补给，郑经只得放弃东南沿海的所有据点。
1680年（康熙十九年）正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻金、厦。郑经以右武卫林陛督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战皆不利，郑经率诸将回台湾。其母董夫人见而责之曰：“七府连败，二岛亦丧，皆由汝无权略果断，不能任人，致左右窃权，各树其党。”郑经无言以对。秋八月，清贝子赖塔复致书郑经，准照朝鲜事例，“不剃发，不登岸，称臣入贡，俾沿海生灵永息涂炭”。郑经复书，请如约，请要求留海澄为互市地。福建总督姚启圣不许，和议又再次搁置。郑经于台南建造园亭“北园别馆”，为其在台湾的行馆以及安养母亲董氏之所，1960年改建为“海会寺”，亦名台南开元寺，至今已有将近三百年的历史，历经几次修建，在建筑风格上保有‘伽蓝格局’，为典型佛寺的形制，为国家二级古迹。