作者：玄奘
唐麟德元年玄奘圆寂，朝野达百万余人送葬者将其灵骨归葬白鹿原
唐麟德元年（664年），“玄奘自量气力不复办此，死期已至，势非赊远”，从此绝笔翻译，并对徒众预嘱后事。正月初九日，玄奘病势严重，至二月五日夜半圆寂，朝野达百万余人送葬者将其灵骨归葬白鹿原。唐总章二年（669年），朝廷为之改葬“大唐护国兴教寺”。唐肃宗还为舍利塔亲题写塔额“兴教”二字。
唐文宗太和二年（828年），唐政府鉴于寺塔损毁严重，曾重修塔身。至于玄奘灵骨，一般认为唐末，天下大乱，为求保全，寺僧遂护携灵骨至终南山紫阁寺安葬。至赵宋端拱元年（988年），金陵（今江苏省南京市）天禧寺住持可政朝山来此，在废寺危塔中发现法师顶骨，遂亲自千里背负，迎归金陵天禧寺供奉。
明洪武十九年（1386年），寺僧守仁及居士黄福灯等将法师顶骨由长干寺（即天禧寺，后更名为大报恩寺）东岗迁至南岗，建三藏塔安奉。清咸丰六年（1856年），该寺毁于战火。清末此地建江南金陵机器制造局，民国改为金陵兵工厂。
1943年日军施工从三藏塔遗址中发掘出安奉玄奘顶骨的石函，此后玄奘灵骨被分数份
清同治年间（1862-1874年）兴教寺遭兵燹，除三座舍利塔外，全寺付之一炬，几成废墟。1922年寺僧募修大殿、僧房十余间，又先后由朱子桥、程潜增建及修葺塔亭、大殿、藏经楼、山门等，并补修了三塔。
1943年12月，侵占南京的日军在施工中，从三藏塔遗址中发掘出安奉玄奘顶骨的石函。日军起初严密封锁消息，后因南京各界爱国人士抗议，汪伪政府迫于舆论压力，与日军交涉，日方才不得不答应将顶骨分为三份：一份于1944年10月10日在南京玄武湖畔小九华山建成砖塔供奉；一份由当时的北平佛教界迎至北平供奉（后由日本人分往日本）；一份即存于南京鸡鸣寺山下当时的汪伪中央文物保管委员会。而这后一份灵骨1945年由南京佛教界迎请到毗卢寺供奉。
新中国成立后，政府两次拨款整修。现兴教寺主要建筑有：山门、钟鼓楼、大雄宝殿、法堂、禅堂、藏经楼等。当时被送往北平的那一份灵骨，后来经历了较多的分送、迁徙过程。首先，被日本人分出一部分迎往日本，辗转供奉于东京增上寺、慈恩寺和奈良药师寺等多处寺院。其间，1955年11月，应台湾佛教界之请，日方又分送一小块灵骨赴台，供奉在日月潭畔的玄奘寺慈恩塔内。留在北平的一部分灵骨，又分送国内四处道场供奉：北京广济寺、广州六榕寺、天津大悲院和成都文殊院。
1956年印度总理尼赫鲁访问我国，提出礼请玄奘顶骨一事，后经周恩来总理同意，将供奉在天津大悲院的一份，由达赖喇嘛护送，在印度那烂陀寺玄奘学院建纪念堂供奉。1962年，慈恩寺内建立了玄奘纪念馆。大雁塔成为玄奘西行求法、归国译经的建筑纪念物。1963年为举行玄奘圆寂一千三百年纪念法会，又将顶骨奉迎至栖霞寺。
“文革”开始，南京市佛协将这份顶骨送至市文管会保存。1973年，一份顶骨舍利珍藏灵谷寺，作为镇寺之宝。南京灵谷寺修复开放，经有关部门批准，该寺将这份顶骨从文管会请回供奉，寺内专设玄奘法师纪念堂，纪念堂正中心设13层密檐楠木塔，玄奘法师灵骨即安奉于此。
1998年9月，为在海峡两岸炎黄子孙中弘扬玄奘精神，经国务院批准，南京灵谷寺分赠1颗玄奘顶骨舍利给台湾新竹玄奘大学供奉。2003年11月21日，为纪念玄奘诞辰1400周年，西安大慈恩寺又从南京灵谷寺迎请玄奘法师顶骨舍利安奉于新建的玄奘三藏院的大遍觉堂。