以李宗仁为代表的桂系军阀与蒋介石爆发桂蒋战争，李宗仁战败，被蒋介石冠以“叛党乱国”之罪

李宗仁与蒋介石之间爆发战争，战败后逃回广西

1929年1月，任（国民政府）军事参议院院长（1929年1月—1929年3月）、（国民政府）国军编遣委员会编组部主任（1929年1月—1929年2月）、（国民政府）国军编遣委员会常务委员（1929年-1930年11月15日）、（国民政府）财政委员会委员（1929年1月31日-1930年7月5日）。1929年，还任（国民政府）首都建设委员会委员、（国民政府）赈灾委员会委员、（国民政府）国防会议委员。
1929年3月，以李宗仁、白崇禧为首的桂系军阀与蒋介石之间爆发蒋桂战争。结果桂系战败，逃回广西。蒋介石以“叛乱党国”的罪名，开除李宗仁党籍，免除本兼各职。

李宗仁组建护党救国军，盘踞广西与蒋介石对抗
1929年秋，李宗仁返回广西南宁，组建护党救国军，自任总司令，白崇禧为前敌总指挥，下辖第三、八两路军，此后，长期盘踞广西，与蒋介石对抗。
1930年4月，参加冯玉祥、阎锡山反蒋，被推为中华民国陆军副总司令（总司令阎锡山）兼第一方面军总司令，由广西进军湖南，支援阎锡山、冯玉祥在中原同蒋介石作战。1930年7月，被蒋军击败，退回广西。
1931年5月，李宗仁又联合粤系军阀陈济棠反蒋，任第四集团军总司令。
1931年11月，任中国国民党（第四届）中央监察委员。