历史对毛文龙的评论褒贬不一，虽有胆有识，开疆有功，但为人骄恣，恃功自傲
作者：毛文龙
吴惟英等人对毛文龙发出评价，且评价颇高
董其昌：“毛文龙以二百人夺镇江，擒逆贼，献之阙下，不费国家一把铁、一束草、一斗粮。立此奇功，真奇侠绝伦，可以寄边事者！如此胆略，夫岂易得？使今有三文龙，奴可掳，辽可复，永芳、养性可坐缚而衅之鼓下矣。”
袁可立：“奴酋逆天顺犯，于今七载。赖毛帅倡义，屡获奇捷，大张挞伐之气。据所报功级解验，前后大小三十余战，斩首共一千九十七级数逾，上捷者共五次，总获器械、弓箭等件共五万。当我圣主宵旰之时，人心危惧之日，海外有此奇功，其应陛应赏应恤之官兵相应敕部，行巡按御史覆勘，再为议序，以候俞旨施行。”
陈良训：“今日所恃海外长城者，非毛文龙者乎？”
高汝栻：“宁远之役，奴拥众入犯而终有内顾之虑者，殆文龙牵制之力欤。”
吴惟英：“昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。 功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。”
钱谦益：“鸭绿江头建鼓旗，间关百战壮军威。青天自许孤忠在，赤手亲擒叛将归。 夜静举烽连鹿岛，月明传箭过鼍矶。纷纷肉食皆臣子，绝域看君卧铁衣。”
众多后人则认为毛文龙恃功自傲，索饷过多
袁可立：“不交一锋，致奴死二万余人，马三万匹，其数终有不可考。”
朝鲜备边司：“毛将所为，不思甚矣。贼冲宣川，不过数百骑，曾不发一只箭，骈首就戮，有同群羊之见猛虎，其无胆勇，据此可想。为今计莫若藏踪秘迹，使虏不得窥觇去留。”
柳公亮：“以其兵力观之，似无剿胡之势。张晚去时结阵以见之，而军皆疲劣。虽或见小利而动，恐难举大事耳。”
李景稷：“毛之军势疲甚，其意只欲安座岛中，享其富贵而已。”
薛国观：“今岁正月，敌倾巢入犯，虽稍挫凶锋，而攻围屠掠逍遥内地者直二十余日，迨班师而东，演沈阳，复图再至，文龙一似不知有牵制者。”
潘士闻：“故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池而可以言智；敌来深慝穷岛，敌去仍言牵制而可以言勇。”
杨国栋：“设文龙于海外，原为牵制不敢西向也，数次过河，屡犯宁锦，全不知觉，牵制安在？！”
王永光：“海外之师为牵制也，有须弥岛之退，又有攻掠海州之报，以牵奴者而牵于奴，文龙伎俩已穷。”
姜曰广：“其言牵制，非也，鞭长不及马腹也。……东江之师，非荒忽苑在，胡马久蹴之，同铁山尽矣。”
《李朝实录》：“蛰居孤岛，徒事张皇。”“今则徒享富贵，无意进取。识者皆忧其终不利于中原，而为我国之深患。”“有同群羊之见猛虎”。
谈迁《国榷》：“将东江偏隅果足慑建虏之魄乎？曰：非也！皮岛去建虏较远，牵制本影响，而建虏善疑，得略为瞻顾，或未即决计而南响也。”“渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，岁百二十万，兵二十万，朝论多疑而厌之，以身握重兵，又居海岛，莫能难也。”
夏允彝《幸存录》：“但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之者。以其身权重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上亦甚喜之，褒谕倍至，不嫌其矫诏。”
毛九华：“再至莱登则有可异焉，舳舮相望，精甲耀日。又放兵四掠，啸聚芒砀，驰骤淄墨。臣，登莱人也，毛文龙两至登郡，暗窥形势，登莱将有不测之忧，幸督师谈笑诛之，以绝后患。”
张岱《石匮书后集》：“文龙僻处海岛，去女真远甚；揜袭战功，以罔当宁。恐羽书不合，故急邸报耳。掩饰支吾，久当自败。毛文龙以幺魔小卒，焉可上比鄂王！”
《明季北略》：“辽民苦虐于北，时欲窜归中朝，归路甚艰，百计疾走，数日方抵关，文龙必掩杀之，以充虏报功，是其大恶。又骄恣，所上事多浮举，索饷又过多，朝论多疑而厌之，以方握重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上甚喜，嘉谕倍至。”
孟森《明史讲义》：“毛文龙东江之兵，始以朝廷无的饷而借口通商，以违禁物与敌为市，敌乃大得其助，而崇焕治兵，请管东江之饷，而文龙拒之，以与敌通市为利，又不欲以领饷而暴露其兵额也。崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为，乃身即被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀崇焕者之罪，至今尚纠纷不已，是用揭之。”
