司马曜信奉佛教，还十分宠幸僧尼，名声远播后甚至有异国献佛

司马曜弘扬佛教宠幸僧尼，最著名的为尼姑支妙音权倾朝野
孝武帝与其弟司马道子都信奉佛教，许多僧尼出入宫禁，备受宠信，史称“姏姆尼僧，尤为亲暱，并窃弄其权”。最著名的是尼姑支妙音，她“权倾一朝，威行内外”，太元十七年（392年）十月，荆州刺史王忱病死，孝武帝欲趁机以自己心腹王恭接任，借以牵制司马道子的势力。当时桓玄以南郡公居于荆州，他虽然对王忱不满，但也惧怕王恭，遂派人入京贿赂妙音尼，让孝武帝任命被视为“弱才”的黄门侍郎殷仲堪当荆州刺史，果然孝武帝听从妙音尼的意见，以殷仲堪出刺荆州。从此事足见僧尼对孝武帝时东晋朝政的影响力。
 

司马曜名声远播，师子国王听说后向其进贡玉佛，此佛被视为“三绝”之一
孝武帝司马曜崇尚佛教的名声远播异域，师子国（今斯里兰卡）王听说后派沙门昙摩向孝武帝进贡玉佛，途中历经十多年，抵达中国时已是安帝义熙年间。据说此玉佛像巧夺天工，“高四尺二寸，玉色洁润，形制殊特，殆非人工”，被世人视为“三绝”之一。