祁寯藻为江宁布政使祁宿藻之兄，嘉庆十九年（1814年）中进士，由庶吉士授编修。道光七年至十三年，祁寯藻先后任文渊阁校理、詹事府右春坊右中允、日讲起居注官、翰林院侍讲学士、国子监祭酒、通政司副使、光禄寺卿、内阁学士兼礼部侍郎等职。十六年服阕后，任兵部右侍郎，转左侍郎，简放江宁提督学政。十九年，调吏部左侍郎，旋擢都察院左都御史。二十年，补授兵部尚书，上查禁鸦片条陈。二十一年，调户部尚书，奉旨在军机大臣上行走，历十年。二十九年，命充上书房总师傅，同年七月授协办大学士。三十年六月，授体仁阁大学士。咸丰元年起， 两任首席军机大臣。二年，赏加太子太保衔。四年，反对肃顺重用湘军，以病致仕。同治元年（1862年），授命复出，以大学士衔补授礼部尚书，在弘德殿授皇帝读。五年（1866年），病卒北京，谥文端。