马玉昆（？－1908年），字荆山，亦作景山，民间称为马三元，安徽亳州市蒙城马集人。初以武童从毅军宋庆参加对捻军作战，积功至都司，后擢总兵。1874年与左宗棠部共同抗击阿古柏和沙俄侵略。1894年补授山西太原镇总兵，协助宋庆防卫旅顺口。7月朝鲜事急，奉令率军至平壤。在平壤保卫战中，他指挥所部奋勇抗击，重创日军第九旅团。但因主帅叶志超贪生怕死，指挥失当，终于败回国内。1895年在辽河下游与日军作战中，马玉昆虽英勇善战，但由于清军各部不协，仍以清军失败而结束。1899年擢浙江提督，次年调还直隶提督。
庚子之变时，马玉昆率武卫左军抵御八国联军。初战天津，继战北仓，相持月余。卒以无援而败退。及那拉氏挟光绪出走西安，命马玉昆随扈。第二年，还京，加太子少保。1908年，病逝，追赠太子太保，赏加二等轻车都尉世职，谥忠武。