作者：刘裕
刘裕不肯接受北归广陵避敌的建，决定与卢循决意死战，以木栅阻断石头城及淮口以御卢循
占据岭南的卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年（410年）起兵，进攻江州。当时朝廷急征刘裕，而当时刘裕刚灭南燕，收到诏书就撤还建康。
刘裕至山阳（今江苏淮安市）时知江州刺史何无忌已战死，于是加速回防建康，并于四月赶至。五月，豫州刺史刘毅大败于卢循，卢循继续东下，而刘裕当时就招募兵众，修治石头城并于当地聚兵。不过，由于刘裕急急南返，士卒多有伤病，而建康兵力亦不过千人，面对有十多万人的卢循大军显得实力悬殊，然而刘裕坚决不肯接受诸葛长民及孟昶奉安帝北归广陵避敌的建议，决意死战。
卢循军到后停驻蔡洲（今江苏江宁县西南江中），刘裕就以木栅阻断石头城及淮口，修治越城（今江宁县南）并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，卢循曾分疑兵进攻白石及查浦，自率大军进攻丹阳郡，但都没有取胜，而且在各县中都无法抢掠到物资，被逼于七月退兵江州。同年十月，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣等人进攻卢循，并于十二月以火攻击败卢循船队。卢循败后试图于左里（今鄱阳湖口）挡住刘裕，但刘裕率军奋战，卢循军无法阻挡而大败，卢循因而南逃广州。刘裕早于卢循撤出蔡洲后就已派了孙处及沈田子经海路攻占了卢循根据地番禺，卢循败逃广州后于义熙七年（411年）又于广州败于沈田子等人，终在交州被刺史杜慧度所杀。
刘裕以朱龄石为益州刺史出兵伐蜀，成功灭蜀后精简各地劳役，让百姓安康乐业
消灭刘毅后，刘裕又图伐蜀，因赏识朱龄石的军事才干和丰富经验，不顾其他人认为龄石资历和名望都不足以担当主帅重任的意见，坚持以朱龄石为益州刺史出兵伐蜀。刘裕在412年底发动晋灭谯蜀之战，当年十二月，刘裕正式以朱龄石为益州刺史，率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。刘裕曾与朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，必会猜度晋军这次想由外水进攻，然而因想出其不意，仍然从内水进攻。故此认为谯蜀应当会置重兵在涪城（今四川绵阳市涪城区），于是决定晋军主力这次要从外水进军成都，以疑兵出内水。为免军情外泄，刘裕特别将一封密函交给龄石，示意到白帝时才能打开，故此大军自江陵出发后一直都不知循何道进军，谯蜀亦无从以晋军势态察知刘裕的图谋。至白帝时，朱龄石公布密函：“大军一律经外水攻向成都，臧熹、朱林在中水攻取广汉，命弱兵搭乘十多艘高舰由内水兵向黄虎。”此后朱龄石就率大军加快速度行军。而谯蜀果如刘裕所想，设主力防备内水，命谯道福在涪城驻以重兵，别遣侯晖及谯诜领万余屯彭模（今四川彭山县南），依水两岸建城垒作防御。隔年（413年）晋军成功灭谯蜀，巴蜀地区再入南方版图。刘裕加授羽葆、鼓吹及班剑二十人。刘裕灭蜀后，下令精简各地劳役，让人民得到休息。