作者：刘毅
刘毅胸怀大志，被桓弘任命为中兵参军属，建立义军参与讨伐桓玄，乘风施以火攻，大败桓玄
刘毅少有大志，并不管理家族的产业，曾入士为徐州从事，后被桓弘任命为中兵参军属。
元兴二年（403年），大将军桓玄篡位，建立桓楚。
元兴三年（404年），刘裕与何无忌等北府军旧将在京口图谋起兵讨伐桓玄，当时家住京口的刘毅与何无忌交好，亦参与他们的图谋。时何无忌特地问：“桓氏现在强盛，可以讨伐吗？”刘毅回答道：“天下自会判定强弱，若是违背道义，虽然强盛亦算是弱小，只看究竟有没有成就大事的领袖。”何无忌再问：“天下之中并非没有英雄呀。”刘毅就答：“我只看见刘裕。”何无忌笑而不答，但都让刘毅参与他们的行动。刘裕等人决定行动后，就命刘毅与刘道规及孟昶同往江北，谋杀桓玄的青州刺史桓弘并占据广陵。二月，刘毅等人成功袭杀桓弘，控制了广陵；而刘裕亦成功控制京口。次日，刘裕率刘毅等义军西进攻击建康。
桓玄在桓谦的力劝下派了皇甫敷及吴甫之迎击，但都被刘裕等击败，二将皆战死。其后刘毅登蒋山，与刘裕一同进攻防御的桓谦等，终成功击败桓谦等军，桓玄于是出奔。刘裕等占领建康，以刘毅为冠军将军、青州刺史，率何无忌和刘道规等各军追击桓玄。桓玄西走江陵，留何澹之、郭铨和郭昶之守湓口，但被何无忌等击败，并进驻寻阳。及后刘毅等率兵自寻阳出发继续进攻桓玄，而桓玄亦率在江陵重组的军队东下迎击，两军于五月在峥嵘洲相遇。刘毅乘风施以火攻，并派精兵进攻，大败桓玄，令桓玄再度西退江陵，郭铨亦向刘毅投降。战后，桓玄旧将刘统、冯稚等乘虚偷袭寻阳，刘毅派了刘怀肃平定乱事。
刘毅平灭诸桓，在江陵迎晋安帝复位，被任命为抚军将军
桓玄在逃回江陵后就弃城西走入蜀地， 而江陵就在荆州别驾王康产等人控制下，守护安帝并等待义军。不久，桓玄在被益州督护冯迁杀害，刘毅等则在江陵迎晋安帝复位。而桓玄死后，义军中人都认为大事已成，全皆松懈起来，且又因大风，桓玄死后差不多十日，各军都未及到达江陵，于是被桓玄堂侄桓振有机可乘，袭取江陵，并劫夺了晋安帝。何无忌等进攻但败于桓振，刘毅唯有率诸军退屯寻阳。刘毅因失江陵而被免官，但不久就再受命督何无忌等进攻桓振等，并进至夏口。当时桓谦将冯该驻军东岸，分据鲁山城和偃月垒，总计有万余人，战舰连接两岸，水上陆地相互支援。
刘毅于是与何无忌、刘道规领兵分别进攻二城，未到夏口，遇大风吹来，千余人被飘走淹死在大江里。刘毅与刘怀肃、索邈等又率部攻打鲁城，刘道规率兵攻打偃月垒，何无忌与檀祗将舰摆列在大江中间严阵以待，以防止叛军船只逃跑。刘毅身穿甲胄，攻占了鲁城，只过半日而偃月垒亦被义军攻破，生擒了桓山客，冯该逃走。十二月，刘毅占领巴陵，刘裕就以刘毅为使持节、兖州刺史，将军职号不变。刘毅号令严整，所经城邑，秋毫无犯，百姓安定喜乐。
义熙元年（405年）正月，刘毅进攻江陵，因桓振当时正领兵抵御起兵的南阳太守鲁宗之，刘毅于离江陵二十里的豫章口击败冯该就直攻江陵，留守江陵的桓谦弃城逃走，刘毅于是成功入城，收杀卞范之等桓玄余党。及至三月，桓振反攻江陵，荆州刺史司马休之败走，刘怀肃前赴与桓振相持，刘毅派了广武将军唐兴助战，杀死了桓振，并斩伪辅国将军桓珍。
及后刘毅又攻下迁陵，在临嶂将桓玄伪朝的太守刘叔祖斩首。其余聚众称王假号的十几伙叛贼，，也全部被剿灭。江、荆二州平定后，朝廷任命刘毅为抚军将军。其时刁预等人作乱， 盘踞出没湘中一带，刘毅派军将分路讨伐，将其全部剿灭。