作者：刘毅
刘毅平定梁州刺史刘稚反叛作乱，并将其生擒，因而加官进爵
当初，刘毅在家遵制守孝服丧， 等到刘裕初举义旗，便身穿黑色丧服从事征战。
至此，战事稀少，，天下逐渐安定，于是刘毅上表朝廷请求返回京口，以终结丧礼，上奏说：“以大道治国者， 其义理的核心在于仁孝。诉说对归天者的悲哀，莫过于对自己的亲人了。愚臣也是平庸之人，本无什么大志，不能超凡脱俗，因此情感和常人一样。往昔年月国难深重，为此愚臣尽忠报国，惭愧苟活于世。去年春天虽然圣上回京复位，而狂妄狡诈之敌未灭，虽奸凶首恶已除，残贼逃匿，但圣上的威望和恩德还未能传布四方，文武将士依旧辛劳疲敝，愚臣微薄的心愿未得伸展，使愚臣不免顾影悲愤。如今皇威远扬，海内清平，愚臣深切的悲哀和艰难的困境，圣上都已知晓。又兼风湿之疾更加严重，且并发多种疾病，如今已衰败到无法履行人臣之责。愚臣的本心，本不甘于苟活偷生，倾吐了心事，也就可以去死了。请求圣上允许愚臣辞职还乡，终老于亲人坟前，希望能符合忠孝两全之道以得到天下的谅解和宽恕。”朝廷未许。
三月，诏令刘毅为都督豫州扬州之淮南历阳庐江安丰堂邑五郡诸军事、豫州刺史，持节、将军、常侍等职号不变，且本府文武官佐全部跟随刘毅西赴豫州。
义熙二年（406年），朝廷追论兴复晋室的功勋，封刘毅为南平郡开国公，，兼都督宣城军事， 配给鼓吹一部。
梁州刺史刘稚反叛作乱，刘毅派遣将佐前往讨伐，生擒刘稚。
义熙五年（409年），刘毅进卫将军、开府仪同三司。
刘毅备办船舰讨伐卢循，以战败丧师， 请求解除职务
义熙六年（410年），卢循作乱，何无忌出兵战死，朝廷震惊。刘毅备办船舰讨伐卢循，临近出发，而疾病忽然转重，朝廷内外大惊失色。百官商议打算护卫晋安帝朝北撤退向中军将军刘裕靠拢，适逢刘毅病愈，刘毅准备率兵南征，刘裕写信给刘毅说：“我先前曾与妖贼交过战，，知道他们用兵行阵的变化方略。现在我部战船修建即将完毕，准备在前方攻击贼军。攻克之日，上流的重任皆托付与你。”又派刘毅的堂弟刘藩前往劝止刘毅南征。刘毅大怒，对刘藩说：“我不过以一时之功相推让罢了，你就以为我不及刘裕！”将刘裕来信掷于地上。
于是刘毅率水师二万从姑孰出发。徐道覆闻知刘毅将到建邺， 告知卢循说：“刘毅所部为精兵，，成败在此一战，应尽全力抗拒刘毅。”卢循便领兵从巴陵出发，与徐道覆会师一处，浮江而下。刘毅驻扎在桑落洲，与卢循军交战，大败，丢弃船只，领数百人徒步逃走，其余部众全部被卢循军所俘虏，辎重堆积满地，全部丢弃。刘毅逃走，进入南晋蛮荒之地，，饥饿疲乏死亡不断，走到者十之二三。参军羊邃竭力救护刘毅，仅以身免于难。刘裕殷情安慰勉励刘毅，恢复其官职。刘毅便以羊邃为谘议参军。
及至刘裕进讨卢循， 诏令刘毅主持内外留守之事。刘毅以战败丧师， 请求解除职务， 朝廷降为后将军。不久转任卫将军、开府仪同三司、江州都督。