作者：孙家鼐
孙家鼐参与创办京师大学堂，重视科学教育，赞同维新派“开民智、通下情”的政治主张，修改《总理衙门筹议京师大学堂章程》，削减“溥通学”
光绪二十一年（公元1895年）甲午战争后，民族危急空前严重，民族资本主义初步发展。以康梁为首的维新派代表着民族资产阶级上层和开明士绅的政治要求走上历史舞台，得到以翁同龢为首的帝党官僚的支持，皇帝开始实行维新。当时的士大夫认为，救国之本在于彻底改学，也就是彻底改变学习的系统和培育人才的方法。如梁启超所说“变法之本，在育人才；人才之兴，在开学校”。孙家鼐也提出“国家要富强，民族要兴旺，首先要开办学堂”的主张，赞同维新派“开民智、通下情”的政治主张，并参与康有为创立的强学会的活动。中国近代最早的大学──京师大学堂的创办，正是这种思潮的产物。
光绪二十二年（公元1896年）初，光绪皇帝命孙家鼐筹建政府出版机构──京师官书局，它包括一个图书馆、一个印刷厂以及一所学堂。接着命在北京建立一所大学堂，委派孙家鼐筹建，并兼任管学大臣。
值得一提的是他在创办京师大学堂的过程中，特别重视科学教育。历时甚短的强学会及京师官书局，主要致力于政治议论，推广科学文化尚在其次。但孙家鼐于1896年3月24日奏报官书局章程，将农务、制造、测算之学置于律例、公法、 商务的同等地位，并率先提出了京师大学堂分科立学的主张。他认为，“非为科立学不为功”。在这份奏折里，他还强调了“中学为体，西学为用”的著名公式，并定为立学宗旨。然而，在他看来，无论：“中学”或“西学”都不是一门“学科”，它们是学问的门类，是学习和求知的方式，至于京师大学堂所要传授的“学问”，孙家鼐则分立10科，并不作中西学之分，其中有6门学科涉及科学和技术。这6门学科的内容均包括基础科目与应用技术。例如，制造、格致（化学和物理）等学均被列入“工学科”之中。
1898年8月9日，管学大臣孙家鼐建议修改由康有为和梁启超起草的《总理衙门筹议京师大学堂章程》，削减“溥通学”（随后称“普通学”）中的经史课程，取消“专门学”中的“兵学”。这一建议立即得到皇帝的赞可。理科课程的教学原封未动，文科课程的减少，使理科的地位显得更加重要。
孙家鼐主张在京师大学堂开设中西医学专业，但由于保守势力的反对，京师大学堂成立非常缓慢
此外，在1898年9月9日的奏折里，孙家鼐要求在京师大学堂开设中西医学专业，条陈立即得到皇帝的赞同。孙家鼐又于9月14日上呈一份章程， 规定学生兼学中西医学，大学堂开设一家医院，供学生日常实习之用。
当时，康梁二人倾向于把中学和西学当做各由其特定学科组成的两种相互对立的学问体系，孙家鼐则认为，作为学问的普遍范畴，每一门学科无不是中西学术兼收并蓄。他写道：“盖学问乃天下万世之公理”。根据孙家鼐的建议，京师大学堂的原始方案赋予理科的重要性不仅超过康有为和梁启超的设想，甚至可以说，与文科、政治和法科相比，占有压倒的地位。
但是，由于保守势力的反对，京师大学堂历时两年未能开学。在此期间，孙家鼐任礼部尚书，旋迁吏部尚书。至光绪二十四年兼任大学士，并受命加速开办大学堂。在光绪二十四年六月至九月的“百日维新”时期，设立大学堂是新政的一项重要内容。八月九日，“京师大学堂”成立（后为北京大学），孙家鼐为第一任管学大臣，丁韪良被聘为总教习，择福隆安旧宅为校址，并立即修葺房屋。然而，这年秋天慈禧太后重掌政权，光绪的新政均被废弃，许多大臣被处死或革职。孙家鼐虽为光绪皇帝的师傅之一，却未受斥退，仍在朝中供职。
戊戌政变后，大学堂虽蒙朝旨准予保留，但开办条例已与原方案相去甚远。大学堂于1898年12月31日开学,科学课程竟一门未开。这种状况并非出自朝廷的意愿。恰恰相反，1898年9月26日上谕及同年11月16 日懿旨一再要求对学生进行这方面的教学。1898年12月3日孙家鼐奏报大学堂开办情形， 他强调指出：“泰西各国兵家农工商，所以确有明效者，以兵农工商皆出自学堂......农知学，则能相土宜，辨物种；工知学，则能通格致，精制造......其事皆士大夫所宜讲求”。由此可见，大学堂开学后迟迟没有开始科学一事，真正的责任者并不是孙家鼐。问题出在负责招聘各课老师的“西学总教习”丁韪良（W.A.P.Martin）身上。此人办事懒散，漫不经心，在任同文馆总教习时，他对开设科学课程，就有过这种表现。因此，1902年1月10日，清政府下令恢复京师大学堂， 并任命张百熙为管学大臣时，后者的第一个举动就是把丁韪良及以往聘用的所有外国教习统统免职。一开始张百熙也遇到各种保守势力的刁难。为取悦对方，他聘请吴汝纶为学堂总教习。光绪二十九年，旗人荣庆受命协助张百熙督办学堂，但是二人在很多方面意见相左。因此，光绪三十年年初，命孙家鼐与张、荣共同整顿学堂教育。然而，孙家鼐此时已年近八旬，学堂的大部分规章实际上是由张百熙制订。在他的主持下，学堂渐有起色。随着张百熙制订了教学大纲，科学教学在大学堂真正发展起来。