作者：阿桂
阿桂在治理河工海塘过程中，为了减少水患带来的损失，他克服种种困难，修筑堤坝
阿桂在数十次奉命治理河工海塘过程中，虽然没有提出超越前人的治水方法，更没有从根本上解决黄河为患的问题，但他从当时当地的实际情况出发，克服困难，尽心尽力地堵塞决口，修筑堤坝，这对减少水患带来的损失，恢复和发展农业生产都起了积极的作用。
除督办河工外，阿桂在这期间还奉命两次督师镇压甘肃撒拉族、回族起义。甘肃是回族的聚居地之一。乾隆二十六年（1761年），甘肃安定（今甘肃定西县）马明新创立新教，反对门宦地主对农民的残酷剥削。后来，他见所在地区门宦势力大，就转移到循化厅（今青海循化）撒拉族中去传教。撒拉族同回族一样信奉伊斯兰教，约有三万人，从事农业、皮筏和榨油业。同样遭受清朝统治和压迫的撒拉族民众，很快就接受了马明新的主张，于是新教就在那里传播开来。这引起旧教门宦地主的仇视，新、老教派间多次发生争斗。清政府站在旧教门宦地主一边，于是教派斗争就转化为反抗清朝的武装起义。乾隆四十六年（1781年），在马明新的助手苏四十三和韩二个的率领下，撒拉族和回族民众举行了起义。他们攻入老教区，杀死哈尔户长（总头人）韩三十八，并打败了陕甘总督勒尔谨派来镇压的清军，处死了兰州知府杨士玑和河州协副将新柱。义军随之攻占河州（今甘肃临夏市），进袭兰州，准备营救被关入监狱的马明新。
清政府得知甘肃撒拉族、回族起义的消息后，急忙调发京师健锐、火器营官兵两千名赴甘肃，并命阿桂和户部尚书和珅前往督师。这时，阿桂正在河南督办河工，乾隆帝就命和珅兼程先行。同年六月，和珅到甘肃后，义军已从兰州主动撤离，转移到距兰州三十里的华林山一带。和珅督军进攻，义军人数虽少，但顽强抵抗，“众虽千余，皆新教死党，素业射猎，精火枪，又负地险”，清军屡攻不下，固原总兵图钦保和近千名官兵都被击毙。不久，阿桂抵甘肃军营，和珅将失利责任归之于诸将不听调遣。阿桂认为如有这种情况，就应以军法处置。于是他就同和珅一起，召集诸将部署作战方略。阿桂发出的每一道指令，诸将都应声答应。阿桂对和珅说：“诸将殊不见其慢，当谁诛？”和珅又羞又恨，说不出一句话。乾隆帝对和珅的无能也有所察觉，颁诏斥责他不把战争的实际情况上报，说：“自阿桂至军，措置始有条理，一人足办贼，和珅在军，事不归一”，下令和珅速回京。这件事使和珅益加嫉恨阿桂，二人自此不睦。
和珅回京后，由阿桂一人指挥战事。他见义军防守坚固，特地从四川调来一千名善于在山地作战的藏兵和七百名阿拉善蒙古兵，依仗兵力与武器精良的优势，切断义军水源，将其团团围困。在这种情况下，义军既没有后方的支援，又没有友军的策应，孤军奋战，处于被动地位。同年六月，义军防线终被清军突破，苏四十三在战斗中牺牲。义军余部退入华林寺，仍然英勇抗击。清军竟惨无人道地放火焚烧，义军全部壮烈牺牲，无一人投降。
阿桂在督办河工的同时，还去往各地查办案件
阿桂镇压起义后，对新教徒进行疯狂的迫害。他将新教徒的田产分给旧教军官，并奏请“将新教礼拜寺概行拆毁，如查有私行传习，阳奉阴违者，照邪教律从重办理”。陕甘总督李侍尧在查办所谓新教余党时，亦大肆株连罗织，迫害无辜。这就激起了更大的反抗。乾隆四十九年四月，回族民众在新教阿訇田五等人的领导下，在甘肃通渭石峰堡再次举行起义。甘肃提督刚塔率军镇压。田五在战斗中阵亡，马四圭和张文庆继续率众斗争。他们攻占通渭城后，巧设埋伏，将清西安副都统明善和其部下一千二百名士兵全部歼灭。清廷闻讯极为震动，下令逮捕陕甘总督李侍尧、提督刚塔入狱，改命福康安和海兰察统兵进攻义军，同时还命阿桂领健锐、火器营士兵赴甘肃督师。同年六月，阿桂至甘肃后，义军已放弃周围小据点，全力固守石峰堡，“堡踞万山中，四面削险，沟堑纵横”，十分险要。义军凭借天险，英勇抗击，清军屡攻不下，伤亡惨重。阿桂仍采用断绝水源和围困的手段，欲图迫使义军就范。义军孤立无援，奋勇突围，但未成功。七月，石峰堡被清军攻陷，起义宣告失败。阿桂因镇压有功，被授与轻车都尉世职。
在治水、督师的同时，阿桂还不时被乾隆帝派往各地，查办案件。乾隆四十六年（1781），甘肃“冒赈案”就是由阿桂揭露和查办的。这一年，和珅和阿桂先后抵达甘肃督师，镇压撒拉族回族起义。当他们将甘肃境内时常下雨的情况上报朝廷后，乾隆帝就对近年甘肃省官吏屡次上报该省发生旱灾，请求赈济一事产生了怀疑。于是他下令阿桂和陕甘总督李侍尧调查此事。阿桂和李侍尧经过一番了解后，事情真相才开始暴露出来。此案始于乾隆三十九年（1774年）。这一年原浙江布政使王亶望调任甘肃布政使。他到任后，和陕甘总督勒尔谨串通一气，先将收捐监生的米粮改为折色银两，然后年年虚报旱灾，打着用监粮赈济的名义，将银子全部私分。乾隆帝对甘肃冒赈案十分重视，特遣侍郎杨魁到浙江，会同巡抚陈辉祖，将又调回浙江的王亶望拘留审讯，抄了他的家，得脏银百余万两。在铁证面前，王亶望只得将如何私自改监粮，如何指使兰州知府蒋全迪“示意诸州县伪报旱灾，迫所辖道府具结申转”，以及如何私分银两的罪状一一招认。乾隆帝下令斩王亶望，赐勒尔谨自尽，现任甘肃布政使王廷赞论绞，并即于兰州将蒋全迪斩首。同时，还命阿桂按治甘肃州县，查勘州县官在此案中的不法行为，规定凡冒赈私分银两在两万两以上者都要处死。阿桂经过一段了解和审讯后，把参与“冒赈案”的官员人数和冒赈银两数基本弄清。牵连此案的道府州县官达六十多人，被斩首的有二十二名，其余的也按情节的轻重给予不同的处罚。
但此案并未最后了结。乾隆四十七年（1782年）有人控告闽浙总督陈辉祖在查抄王亶望家产时有舞弊行为。于是乾隆帝又命阿桂赴浙江按治。阿桂抵浙后，严鞫陈辉祖，将其在抄家时，以银换金，隐藏玉器，抽换朝珠，将王亶望的赃物窃为己有的罪行查清，陈辉祖遂被革职逮问。第二年（1783年）二月，因又揭露出陈辉祖任内，浙江全省存在严重的钱粮亏空，乾隆帝一气之下就赐他自尽。