朱由校在位时宦官专政，无数忠臣、正直将领遭魏党迫害

朱由校宠信宦官及其乳母，导致宦官专权，正直众臣皆遭残害
朱由校对乳母客氏和魏忠贤比较重用。魏忠贤原为一市井无赖，大字不识，却善于钻营，很快攀上了大太监王安的关系，并结识了当时还是皇太孙的朱由校。朱由校继位后，他的地位自然直线上升，升任司礼秉笔太监。客氏是天启帝皇帝的奶妈，其奸诈而贪权，客魏两人很快结成了同盟，成为了后宫不可一世的力量。
一方面，魏忠贤引诱朱由校玩乐，使朱由校整日沉浸在木工活之中。另一方面，魏忠贤与朝堂上的一些文臣如崔呈秀之流相勾结，排挤东林党人，逐渐掌握了内阁和六部。魏忠贤常常趁朱由校在专心制作木器时启奏，这时朱由校总是厌烦地说：“朕知道了，你去照章办理就是了。”魏忠贤据此滥行赐赏，大施刑罚，造成空前的宦官专政。天启五、六年间，屡兴大狱，诬杀东林党人杨涟、左光斗、魏大中等，并毁天下东林书院。凡正直的大臣，都被以东林党的罪名惨遭横祸，东林党人被贬、被杀不计其数，其中最著名的当属杨涟、左光斗为首的东林六君子。

朱由校在位时安排重用宦官，其忠臣、良将多为之所害