方从哲虽然力求公允，但是也不得不依靠自己的“党人”来维持基本的统治权，实际上深陷党争的泥潭，无法自拔

方从哲尽管勉强想保持中立，力求公允，但形势的变化让不得不陷入党争的旋涡

方从哲本来是一个下野老夫子，似乎不应该牵扯进党争。但明末党争酷烈，他也不能幸免。
当时沈一贯在位时期组织的“浙党”集团仍然存在，并在攻倒李三才的斗争中获得胜利。从而使得东林方面的形势恶化起来，令叶向高不安其位，才会急于辞职。但是交换条件却是推出双方都可以接受的在野老夫子方从哲出来主事。
但是尽管方从哲勉强想保持中立，但形势的变化让他很快就发现，自己不得不陷入党争的旋涡。当时言官行径跋扈，对于方从哲的批评十分严厉，尤其票拟一事，不论是捍卫票拟权的态度，或是票拟的内容，均遭言官予以论劾。在这种情况下，方虽然力求公允，但是也不得不依靠自己的“党人”来维持基本的统治权。实际上深陷党争的泥潭，无法自拔。
方从哲虽然起初属于无党派人士，但他曾任国子监司业、祭酒，门生众多，因此自然极容易运用师生间的人脉关系，来建立起政治网络。实际上，在他出山以前，其门人，担任给事中的亓诗教就已经组织了齐党。由于亓资历较浅，为了能够达成扩张势力，就力推从哲出山。
 

方从哲久居京师，除了门生外，主要组织顺天人为自己的人脉网络

叶向高《蘧编》曾记曰：“赵公（赵世卿）既（因为“楚宗案”中死保浙党沈一贯而）去，齐人多咎余（叶向高）。而亓君文，中涵方公（方从哲）之门生，姚给事中永济私语余，亓君意无他，但欲启其座师耳，座师用，则自解矣。余向极力推毂方公，不得请。其后方公起家吏侍，副余主考至大拜，而亓犹攻余不止，盖必欲方公居首揆耳。当亓、吴疏上，余引咎求去。”这时是万历四十年，亓诗教希望重启里居山林已久的方从哲，藉由他们之间座主与门生的关系，在政治上可互为奥援。而诗教在从哲任阁臣后，依然批评叶向高如故，主要是想让座师方从哲，取代叶向高，进而担任首辅一职。
历来人们都说从哲是浙党，其实尽不然，他久居京师，除了门生外，主要组织顺天人为自己的人脉网络。而沈一贯的“浙党”比如赵焕等，则盟友而已。
万历四十三年，神宗用赵焕为吏部尚书，采纳赵焕的意见，各部各任命侍郎4人，又考选补充给事中17人，御史50人，言路称盛。但东林仍然肘制一切，主要原因除了与浙党的旧恨以外还有“庚戍之榜（万历三十八年）”进士待遇差别的问题。盖同年进士皆大才之人，而周永春、韩浚因是齐人，入“齐党”而大用。其他数人亦“急于富贵”（夏允彝语），因而不满，转投东林为骨干（如钱谦益）。