作者：爱猷识理达腊
爱猷识理达腊受命总天下兵马，设大抚军院，坐镇指挥，领兵后，调诸军攻打扩廓帖木儿，元朝内乱，朱元璋称皇帝，改国号为大明，明军逼近大都，惠宗等人仓皇逃往上都，北元开始
爱猷识理达腊回京后，多次请求南下督师，剿灭江淮一带的朱元璋、张士诚等势力，元惠宗不信任他，因而在两个月后改由扩廓帖木儿代皇太子南征，封其为河南王，统领天下兵马。但扩廓帖木儿却在彰德按兵不动，所以惠宗怀疑扩廓帖木儿有异志，并迁怒于奇皇后与爱猷识理达腊，说：“向者孛罗举兵犯阙，今日扩廓总兵，天下不太平，尔母子误我天下！今天下土疆分裂，坐受危困，皆汝母子所为也！”爱猷识理达腊挨了打。然而胳膊肘终究是向里拐的，在各路军阀混战、不听调遣的情况下，爱猷识理达腊接受伯元臣、李国凤等人的建议而向惠宗请缨，惠宗也于至正二十七年（1367年）八月命爱猷识理达腊总天下兵马，设大抚军院，坐镇指挥。爱猷识理达腊领兵后，又调诸军攻打扩廓帖木儿。就在元朝内乱之际，在元末农民起义中崛起的朱元璋自称皇帝，改国号为大明，出兵北伐元朝。眼看江山丢失在即，惠宗又归罪于爱猷识理达腊，杀了当初提出太子统兵建议的伯元臣、李国凤等人，于至正二十八年（1368年，洪武元年）闰七月撤销大抚军院，恢复了扩廓帖木儿河南王、太傅、中书左丞相等官爵，令其出兵勤王，不过为时已晚。至正二十八年（1368年，洪武元年）闰七月二十八日，明军逼近大都，惠宗与奇皇后、爱猷识理达腊等人及百官从大都健德门仓皇逃往上都，元朝在中原的统治结束，北元开始。
面临大敌，惠宗与爱猷识理达腊一致对外，皇太子拒绝了奇皇后派兵问罪高丽的要求，上都失守，惠宗驾崩，皇太子爱猷识理答腊即位，为元昭宗，逃出明军包围，出奔和林
面临大敌当前，惠宗与爱猷识理达腊重归于好，一致对外。在逃往上都的路上，奇皇后再次要求爱猷识理达腊派兵问罪高丽，为她的家族报仇，但爱猷识理达腊没有听从。十一月二十四日，爱猷识理达腊领兵屯于红罗山，伺机收复大都。至正二十九年（1369年，洪武二年）三月二日，爱猷识理达腊请率精骑直搏大都，惠宗不许。至正二十九年（1369年，洪武二年）六月十三日，明军逼近上都，惠宗与爱猷识理达腊等人连夜出奔应昌（今内蒙古克什克腾旗），四天后，上都失守。至正三十年（1370年，洪武三年）正月初二，惠宗病重，诏皇太子总军国诸事。同年四月二十八日，元惠宗驾崩，皇太子爱猷识理答腊在应昌继承了皇位，是为元昭宗。五月十六日，明将李文忠奇袭应昌，元宫后妃以及昭宗的儿子买的里八剌被明军俘虏，只有昭宗率十余骑突围，出奔和林（今蒙古国哈尔和林）。