作者：徐树铮
张勋复辟后，黎元洪引咎辞职，由镇守南京的副总统冯国璋代理大总统。1917年8月10日，徐树铮再次出任陆军部次长。当时，西南的桂系陆荣廷、滇系唐继尧等军阀处于独立状态，孙中山也在广东发起护法运动，湖南自治运动勃兴，面对南北分裂的局面，段祺瑞力主武力统一，而冯国璋则主张“和平混一”，使府院之争再起。徐树铮与段祺瑞紧紧站在一起，共同进退。1917年11月，皖系的另一骨干傅良佐在湖南被陆荣廷打败，武力统一政策受挫，段祺瑞和徐树铮相继辞职。
徐树铮辞职后，继续为武力统一政策四处活动，他将直隶督军曹锟拉拢过来，又召集北洋各省督军和督军代表（除长江三督外）召开天津会议，于是武力统一的呼声重新高涨，段祺瑞为首的皖系军阀又占了上风。在徐树铮等人的压力下，冯国璋被迫赞同武力统一，到1918年2月时，曹锟、吴佩孚、张敬尧、张怀芝、冯玉祥等各路军阀纷纷南征。
徐树铮在向冯国璋施压的同时，又秘密怂恿奉天督军张作霖率兵入关。他的目的一是为了加大迫使冯国璋主战的压力，二是为了截获陆军总长段芝贵向日本订购的武器，四分之三给张作霖，四分之一给自己，三是让冯国璋亲信王士珍下台，皖系领袖段祺瑞重新出任总理。 2月22日，奉军在秦皇岛强行截获日本军械，冯国璋和段祺瑞均对徐树铮勾结张作霖截获军械之举极为惊讶，徐树铮辩解说他是为了防止军械落入主和派手中。 段祺瑞本欲利用这批军械编练“参战军”，不愿其落入张作霖手中，遂召见徐树铮，指责他此举是“教猱升木”，徐树铮反问教长江三督“升木”者是谁（即冯国璋），段祺瑞无言以对。进入3月以后，奉军在徐树铮的策划下陆续入关，拥护段祺瑞重新上台，徐树铮的计划遂大功告成。在段祺瑞下台后的几个月内，徐树铮在各路军阀间的纵横捭阖是他在政治舞台上独立完成的第一个“杰作”。当时在正志中学教书的著名学者林纾曾作《匹马度关图》以称颂之。
徐树铮专注武力统一，并以奉军副司令的身份代行张作霖的职权
段祺瑞第三次做总理以后，徐树铮专注于武力统一，他以奉军副司令的身份代行总司令张作霖的职权，指挥数万奉军南下应援作战，反复激励和催促曹锟、张怀芝率领第一、二路南征军赴湖南与南军作战，并遥控浙闽联军进攻广东，指示川陕刘存厚和陈树藩坚持抵抗护法军。起初北军节节胜利，夺取了岳阳和长沙。1918年4月，徐树铮与段祺瑞一道“南巡”汉口，召开军事会议。段祺瑞返回北京后，徐树铮南下长沙，亲自部署战局。这时湘军赵恒惕、刘建藩等部已反攻回来，徐树铮急调一支奉军迅速入援，自己于5月1日回京，继续辅佐段祺瑞展开对南作战。随着战争陷入胶着状态，局势越来越对皖系不利，特别是段祺瑞政府在1918年5月16日签订的《中日陆军共同防敌军事协定》披露以后更是引起了新一轮的反战浪潮。5月21日，徐树铮受段祺瑞之命再次南下汉口、长沙，稳住前线士气。