作者：徐树铮
徐树铮被徐世昌以祸国殃民等六大罪状为由免除西北筹边使之职
徐树铮收复外蒙古，他本人和皖系的威信和实力随之大为增长，令奉系张作霖和直系曹锟如坐针毡。原本北洋各派系在段祺瑞、徐树铮的指挥下共同对南作战，到1920年时已经离心离德，大有剑拔弩张之势。徐树铮的政敌靳云鹏在直奉二系及徐世昌的支持下坐上总理之位，也让徐树铮耿耿于怀。1920年4月8日，曹锟在保定以悼念直军阵亡将士为名义，召集8省代表开会，不仅决议停止对南作战，还要求解散徐树铮所把持的安福俱乐部，矛头直指皖系。
1920年5月，吴佩孚从南方前线撤回直隶，直皖关系日益紧张。直系明确提出罢斥徐树铮，段祺瑞坚决不接受。7月3日，张作霖、曹锟、李纯等通电公布徐树铮“祸国殃民”、“卖国媚外”、“把持政柄”、“破坏统一”、“以下弑上”、“以奴欺主”六大罪状，7月4日，大总统徐世昌免徐树铮西北筹边使之职，改授远威将军，其指挥的边防军划入陆军部。段祺瑞和徐树铮对此怒不可遏，加紧对直系备战。7月9日，段祺瑞组建定国军，自任总司令，徐树铮任副司令兼总参谋长。7月14日，段祺瑞发布总攻击令，曹锟、吴佩孚率军迎战，直皖战争爆发。两军从廊坊到高碑店一线展开战斗，到7月17日时，皖军将领曲同丰被吴佩孚生擒，张作霖也通电助直反皖，战局急转直下，徐树铮见大势已去，当晚从廊坊战场逃回北京。7月19日，段祺瑞引咎辞职，直皖战争结束。
皖系战败后，安福俱乐部被解散，徐世昌下令通缉徐树铮等“十大祸首”，徐树铮逃到日本公使馆避难达百余日。1920年11月14日，徐树铮藏在一个箱子里，被运离日本公使馆，然后自天津东渡日本。
自直系声讨徐树铮以来，徐树铮本人一直保持沉默，先是静观待变，而后埋头于军事部署，未尝公开以言语反驳。因为他自知树敌过多，不宜公开发言。直皖战争失败对徐树铮来说是一次沉重打击，不仅武力统一的梦想被彻底粉碎，而且他的政治生命也随着皖系的倒台而基本终结。此后徐树铮虽图谋卷土重来，但再也没有先前在中央政界呼风唤雨的能力了。
徐树铮虽在之前与孙中山有嫌隙，却因有共同的目标而再次达成合作
1921年1月末，徐树铮自日本返回上海，2月初秘密到达福州，劝说福建督军李厚基与浙江督军卢永祥一起推翻直系军阀。李厚基曾经是皖系成员，并与徐树铮有表亲关系，但他为了维护自己地位，不愿接受徐树铮建议。4月，徐树铮又游说卢永祥，卢永祥虽然是皖系军阀仅存的硕果，但与徐树铮有隙，为保存实力，也不予理会。这时，孙中山返回广东，展开第二次护法运动，自任中华民国非常大总统。徐树铮产生了与曾经的敌手——孙中山合作的想法。在此之前，徐树铮就和孙中山有了一些联络，他曾阅读《孙文学说》一书，对孙中山的主张表示赞成。收复外蒙古以后，又主动电告在上海的孙中山，孙中山也以陈汤、班超相称许。这时出于打倒直系的目标，徐树铮开始为皖系和孙中山牵线搭桥。
1921年12月22日，徐树铮抵达广州，试图会晤孙中山，孙中山因公务缠身，派廖仲恺、汪精卫、蒋介石等代为接见。1922年1月18日，徐树铮又前往桂林，在独秀山下靖江王府会见了孙中山，徐树铮建议孙中山与段祺瑞、张作霖建立三角同盟，打倒把持北京政府的直系军阀，孙中山表示赞成。两人相谈甚欢，孙中山甚至要把徐树铮留下来作参谋长，被徐树铮婉拒。徐树铮回到上海，致函隐居天津的段祺瑞，建议联合孙中山，段祺瑞权衡再三，终于同意。
1922年4月，第一次直奉战争爆发，张作霖的奉军败北，退回东北自保；6月，陈炯明与直系勾结，驱逐孙中山，孙中山回到上海。8月21日，徐树铮与孙中山在上海会谈，徐树铮拟至福建延平（今南平）策动他的旧部王永泉推翻李厚基，占领福建，作为反直根据地，请求孙中山调其部队相助。孙中山表示同意，派胡汉民去延平与王永泉商议合作条件，徐树铮本人也携带段祺瑞拨给他的80万元经费，于9月7日潜入延平，成功说服王永泉与效忠孙中山的粤军许崇智部一起打倒李厚基。9月27日，王永泉在延平宣布独立，许崇智亦从粤赣边境向福州进军。10月2日，徐树铮在延平建立“建国军政制置府”，自称“总领建国军政制置府事宜”，宣布尊奉段祺瑞和孙中山，在正统政府成立以前不听从任何人的号令，以其所著《建国铨真》为准则。随后王永泉和许崇智在其指挥下打败李厚基，徐树铮于10月17日进入福州，任命王永泉为福建总抚。但是，徐树铮的制置府基本上无人支持，不仅直系虎视眈眈，王永泉同床异梦，就连段祺瑞也不赞成徐树铮另立旗号。福建人民则高呼“闽人治闽”，孙中山方面亦主张“军民分治”。徐树铮接受孙中山的主张，以王永泉为福建总司令，闽籍国民党人林森为福建省长，昙花一现的建国军政制置府便被取消了。