作者：全祖望
《全祖望集汇校集注》收录全忘祖大部分著述，是其著作的集大成
2000年，上海古籍出版社出版了《全祖望集汇校集注》。此书由谢国桢发其端，朱铸禹集前人校注之功，收录全祖望大部分著述，分三册装订，是全祖望著作的集大成。当然这么大的集子，疏漏也在所难免，辛德勇的《全祖望<经史问答>万氏刻本缀语——兼谈上海古籍出版社本<全祖望集汇校集注>》（《书品》2004年5、6期）和胡伟的《<鲒琦亭集>校读札记》（南京师范大学硕士论文，2006年），都对该书的失误提出批评，胡文校出其标点、文字讹误61处。有关全祖望著作的选本和注本，尚有黄云眉的《鲒琦亭文集选注》（齐鲁书社1982年）、詹海云的《全祖望<鲒埼亭集>校注》（台北鼎文书局2003年），以及《全祖望校<水经注>稿本合编》（中华全国图书馆文献缩微复制中心1996年）和《宋元学案》（民国时期有中华书局《四部备要》本，今有1986年中华书局校点本）。
对于全祖望著述成书、流布过程的考辩，最主要、最全面的研究文章是蒋天枢《全谢山先生著述考》（《国立北平图书馆馆刊》第7卷第1、2号，1933年），此文全面考察全祖望所有著作及其流布过程，指出全祖望计有《公车征士《评传录》、《读易别录》、《困学纪闻三笺》、《句馀土音》、《续甬上耆旧诗集》、《宋元学案》、《汉书地理志稽疑》、《七校水经注》、《经史问答》、《鲒埯亭集》、《鲒埼亭集诗集》、《鲒埼亭集外编》、《甬上望族表》、《孔子弟子姓名表》以及伪书《年华录》共15种，另外尚有存目之书数种。此后王永健》、黄云眉《鲒埼亭集选注·前言》、谢国桢《清代卓越的史学家全祖望》、子微《全祖望及其著作》（《古籍整理与研究》第五期，中华书局1980年10月第1版）、詹海云博士论文《全祖望学术思想研究》第五章等文，也对全祖望的著作情况作了介绍和考证。因为全祖望的《鲒埼亭集》在杭世骏处滞留多年，所以引起一段公案。刘孔伏《<鲒埼亭集>内外编之由来》（《广西师范学院学报》1986年4月）认为，董秉纯两次整理文集，才形成了内外编，指出谢国桢“仿明遗民而分内外集”、黄云眉“杭世骏惧祸”两说欠妥。
历史名人多人曾对全祖望著作发出评论，尤《宋元学案》受到评价最高
全祖望曾七校《水经注》。在《胡适全集》中，有许多讨论全祖望《水经注》五校本、七校本的文字。但是胡适疑心太重，假设过于大胆，他先是认为全祖望七校本为伪作，贬低全祖望的治学态度和郦学成就，后来发现天津图书馆藏的五校本，又撰文承认了七校本的真实性，引起了一些无谓的考证与讨论，谢忠岳的《全祖望·水经注·胡适·天津图书馆》一文对此有具体评说（《图书馆工作与研究》1996年5期）。除胡适外，王国维、陈桥驿、吴天任等人也都对全祖望校《水经注》的贡献有评论。
此外，全祖望还整理完成了黄宗羲的未竟稿《宋元学案》。自乾隆十一年开始，全祖望历时九载，补写改订黄氏原书，又增立学案32个。卢钟锋的《论<宋元学案>的编纂、体例特点和历史地位》（《史学史研究》1986年2期）、陈祖武的《<宋元学案>纂修拾遗》（《中国史研究》1994年4期）、林久贵的《(宋元学案)的作者及成书经过述论》（《黄冈师专学报》1998年8月）、仓修良、吕建楚的《全祖望和<宋元学案>》（《史学月刊》1986年第2期）、陈其泰的《<宋元学案>的编撰与成就》（《史学史研究》1990年3期）、吴光的《<宋元学案>成书经过、编纂人员与版本存佚考》（杭州师范学院学报2008年1月第1期）及《评传》等文章，都对全祖望增补《宋元学案》的贡献作了高度评价。