作者：噶尔丹
准噶尔找到与俄国利益的交汇点，谋求俄国的支持，增强与清廷抗衡的实力
清政府对准噶尔贡使和商队的限制，是双方关系恶化的一个契机，但由友好发展演变成军事冲突的根本原由，则是噶尔丹旨在统一蒙古，建立一个不依附于清王朝的大蒙古帝国的政治方略。
早在康熙十七年（1687年）三月，噶尔丹为实施其“东进政策”，即准备进军青海，理由是和硕特是卫拉特蒙古一部，理应归他统辖。清政府得知消息后，即命甘肃提督张勇等整敕军队严加防范，同时敕谕噶尔丹，要他“坚立信誓，不许骚扰人民”。此时，噶尔丹毕竟羽毛未丰，他从清廷的强烈反应中清楚看到，青海和硕特与清政府关系相当密切，甚至在很大程度上存在着依附关系，他若冒然进军，清政府决不会袖手旁观，而一旦与清政府正面交锋，显然是力所不敌，所以“行十一日，撒兵归”，也就是说主动改变了进军青海的计划。
实施“东进政策”是噶尔丹既定的战略方针，为此，他开始全面调整与俄国的关系，以谋求俄国的支持，增强与清廷抗衡的实力。康熙二十二年（1683年），噶尔丹派出两名使者，带了一个由70个组成的商队，携带致沙皇的信件抵达伊尔库茨克，“他们宣称他们的主子已经听到俄国与中国在黑龙江流域发生摩擦的消息，特地派他们到莫斯科来”。这个使团活动的细枝末节，还待史料的发掘，但作为一位老谋深算的政治家，噶尔丹此举表明，在特定历史背景下，选择了一个合适的借口，表达了自己对俄国的支持。所谓特定历史背景，一是指噶尔丹进军青海战略行动的中止；二是指清政府刚宣布限制准噶尔贡使入京人数。所谓合适的借口，是指此时清俄雅克萨之战正处方兴未艾之势。因此，可以将这个使团的活动视之为是噶尔丹为调整对俄关系的重要政治步骤，而在打击喀尔喀蒙古封建主这一点上，准噶尔贵族与俄国殖民者找到了利益的交汇点。
准噶尔骑兵进入科尔沁草原等地，摆出与清军决战的架式
噶尔丹要实施“东进政策”，当然要打击与清政府保持臣附与友好关系的喀尔喀蒙古封建主。而此时喀尔喀蒙古封建主对俄国侵略者的强硬立场，也被参加中俄尼布楚谈判的俄国代表费多尔·阿列克谢维奇·戈洛文视为眼中钉，为了使俄国在未来的中俄谈判中处于有利地位，必须打击抗俄最坚决的土谢图汗。因此，1686年以来戈洛文极力“希望与博硕克图汗对向蒙古人武装进攻一事取得一致意见”，“戈洛文在外务衙门的报告中提出建立俄国——厄鲁特联盟的想法”。有了俄国全权大使的支持，噶尔丹认为实施梦寐以求的“东进政策”时机已趋成熟，既有西藏僧俗上层的庇护，又得到俄国势力的支持，是实现建立统一大蒙古帝国的最好时机。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹借口声讨两年前喀尔喀蒙古诸部的枯冷白齐尔盟会上，哲布尊丹巴·呼图克图不尊敬达赖喇嘛使者之举，率军3万，越过杭爱山，大举进攻喀尔喀蒙古游牧地区。由于噶尔丹派遣的千余名喇嘛作内应，土谢图汗仓促迎战，初战即失利。噶尔丹的骑兵乘势击溃车臣汗和扎萨克图汗两部，大肆掠夺土谢图汗和哲布尊丹巴·呼图克图的牧地，致使喀尔喀蒙古诸部蒙受空前浩劫，举部内迁，“溃卒布满山谷，行五昼夜不绝”。
噶尔丹进攻喀尔喀蒙古，产生了极严重后果。首先，噶尔丹出兵，是从背后向正在抗击俄国侵略的蒙古人民猛砍一刀，使他们陷入腹背受敌、两线作战的不利地位。其次，噶尔丹占领漠北后，参加尼布楚谈判的清朝使团不得不中途撤回，影响了清政府在谈判中的实力地位，使清廷作出在谈判中对俄国作重大让步的决策。自此之后，噶尔丹与清政府关系也进入了以战为主的痛苦发展阶段。
噶尔丹进军喀尔喀蒙古初战获胜，声势大振，但即在此时，准噶尔内部发生了严重分裂。一直与噶尔丹同牧的僧格之子策妄阿拉布坦、索诺木阿拉布坦、丹津鄂木布均已成年，噶尔丹视他们为准噶尔汗位的潜在争夺者，此时噶尔丹与亲信奈冲鄂木布合谋，毒杀索诺木阿拉布坦，又试图谋杀策妄阿拉布坦。1688年冬，策妄阿拉布坦率部众5000人逃往额琳哈毕尔噶（今新疆沙湾县境），不久又徙牧至噶尔丹的冬营地——博尔塔拉。噶尔丹率兵追击，在乌兰乌苏被策妄阿拉布坦全歼。同年十一月，楚琥尔乌巴什之子额琳臣也率“子弟台吉十余人，弓箭手三百余人，计一千余口，来投皇上”。这两件事，使噶尔丹兵员锐减，又失去了根据地，剩下的只有冒险进入漠南蒙古，劫掠驼马牛羊，以图发展。康熙二十九年（1690年）六月，准噶尔骑兵由克鲁伦河经乌尔扎河、喀尔喀河南下，进入科尔沁草原、锡林格勒草原、乌珠穆沁盆地，摆出与清军决战的架式。