作者：朱佑
朱佑被派去围困洛阳，洛阳城守军私自投降引起全面崩溃
为了夺取中原重镇洛阳，公元25年（建武元年）七月，刘秀派吴汉为大司马，统率朱佑、刘植、坚镡、岑彭、王梁、万脩、贾复、侯进、冯异、祭遵、王霸等十一员将领围攻洛阳。
当时镇守洛阳的是更始皇帝刘玄的大司马朱鲔，朱鲔曾参杀刘演的事件，因此固守不降。汉军久攻不下，正苦于无法破城之时，洛阳防守东城门的将领决定投降，私下里与坚镡达成协议，于次日清晨打开上东门。坚镡马上向朱祐报告，次日清晨，城门一开，朱祐与坚镡乘机率军而入，与闻讯赶来的朱鲔部队在武库相遇，双方大战，杀伤很多，直到早餐时终因不能击破敌军，撤兵回营。坚镡、朱祐虽然没有攻破洛阳，但朱鲔对部队的忠诚产生了怀疑，失去了死战的决心，随后刘秀又派岑彭劝降，朱鲔最终投降。
定都洛阳之后，公元26年（建武二年）春，刘秀第二次大封功臣，更封朱祐为堵阳侯。
朱佑带军剿灭农民军，平定洛阳西南一带，迫降五万人
公元26年（建武二年）春，残余的五校农民军与檀乡农民军合兵进扰魏郡（郡治邺城，今河北临漳西南邺镇东）、清河郡（郡治清阳，今河北清河东南）。在刘秀的命令下，大司空王梁、建义大将军朱祐、执金吾贾复、偏将军王霸、杜茂、扬化将军坚镡、骑都尉刘隆、马武、阴识等九将军随大司马吴汉去清剿。汉军与农民军大战于邺东漳水之上，农民军战败，被斩首、投降的有10余万人。
为了巩固洛阳，剿灭洛阳西、南一带的流民军，公元26年（建武二年）春，刘秀命令朱祐与王常、景丹、朱祐、祭遵、王梁、臧宫一起统领大军南出箕关（中国古代太行八陉之一——轵关陉上一处著名关隘），向南进军，去清剿盘踞在洛阳西南地区的弘农、厌新、柏华、蛮中等流民武装，经过一年的苦战，平定了这些地方。
公元26年（建武二年）秋，建义大将军朱祐与景丹、吴汉、建威大将军耿弇、执金吾贾复、偏将军冯异、强弩将军陈俊、左曹王常、骑都尉臧宫等击破五校军于羛阳，迫降其众五万人。