作者：朱佑
朱佑在平定董訢、邓奉叛乱时失败被俘虏，劝降了邓奉
朱祐等人一路顺利，可这时后方南阳却先后发生了董訢、邓奉叛乱，公元26年（建武二年）十一月中旬，刘秀任命廷尉岑彭为征南大将军、南征大军主将，又令建义大将军朱祐、执金吾贾复、建威大将军耿弇、武威将军郭守、越骑将军刘宏、偏将军刘嘉、耿植等人为副将，率领汉军数万，南下讨伐邓、董。这一次，朱祐遭遇了自己军事生涯的滑铁卢，他率部在淯阳（今河南省新野县东北）与邓奉交战时，兵败被俘。朱祐和邓奉及他的叔叔邓晨（刘秀的姐夫）早年就相识，又一同随刘氏兄弟起兵，因此邓奉没杀朱祐。
公元27年（建武三年）夏天，刘秀御驾亲征去增援前期南下的汉军，邓奉见汉军势力大，决定投降，于是他就请朱祐请出来，由朱祐押着他一起来到刘秀大营中请罪。
刘秀赦免了朱祐被俘之罪，并且以劝降邓奉有功为由，恢复了朱祐所有的官职、爵位。并继续派他领兵作战，朱祐先后带兵攻占了新野、随县。
朱佑奉命消灭楚黎王秦丰，长期围困，将其生擒
为了消灭割据荆襄一带楚黎王秦丰，公元27年（建武三年），刘秀派遣岑彭、傅俊、臧宫、刘宏率军南征，但汉军进攻受阻，迟迟不能突破敌军防线，六月末，刘秀又令朱祐为主将，祭遵为副将，率领第二拨汉军南下，朱祐见了岑彭，两人作了分工。朱祐负责北线，对付延岑、张成。岑彭负责南线，对付秦丰、蔡宏。
分工之后，朱祐率领征虏将军祭遵与延岑大战于东阳，大破延岑，临阵斩了秦丰的大将张成，延岑率军败走，去投秦丰。这一仗朱祐缴获的印绶就有九十七件。
随后朱祐挥军进攻黄邮城（今河南新野东），黄邮城守军望风而降，听到南线捷报频传，刘秀非常高兴，赏赐朱祐黄金三十斤。
朱祐、岑彭会师合围秦丰的都城黎丘（今湖北宜城西北）之后，刘秀下令岑彭、傅俊率军南下，转攻盘踞在夷陵（今湖北宜昌东南）的田戎。围攻黎丘的任务，交给了建义大将军朱祐，又命破奸将军侯进、辅威将军耿植率领本部汉军协助朱祐围困霍丘。朱祐接手围困的任务之后，挥军击破蔡阳，擒杀了秦丰的守将张康，打掉了秦丰最后的支援。
为了尽早结束战斗，刘秀亲自到黎丘，派御史中丞李由为使者持玺书来到城下招降，秦丰却仍然不降，还口出恶言，刘秀大怒，回京之前告诉朱祐，一旦拿下黎丘，立即诛杀秦丰及其三族，无需押解回洛阳治罪！
经过长期围困，秦丰粮尽，朱祐乘机猛攻，公元29年（建武五年）六月，秦丰终于撑不下住了，只好领他的母亲妻子九人肉袒出城投降。按照刘秀的旨意安排，对负隅顽抗的秦丰应该就地处决，并灭其三族。然而朱祐心地善良，不忍这百口无辜这就样被杀，只是将秦丰及家属收监，然后用槛车送往洛阳报捷。
朱祐违旨的事情被吴汉知道了，吴汉上奏刘秀，弹劾朱祐废诏接受投降，违反了将帅的使命。但刘秀只是下令将秦丰处斩，并没有怪罪朱祐。而是下令将朱祐调回洛阳。朱祐返回后，与骑都尉臧宫联合围剿被延岑余党所盘踞的阴县、酂城、筑阳三座县城，全部将其扫平。