弘历武功繁盛，在平定边疆地区叛乱方面做出了巨大成绩，维护了国家的统一并拓广了领土

乾隆十年（1745年），准噶尔部首领噶尔丹策零病逝，准噶尔内部为争夺汗权内讧，其领袖和牧民络绎不绝地归附清朝，辉特部台吉阿睦尔撒纳和准噶尔部强臣达瓦齐联手在内讧中崛起，后与其争权失败，归附清朝。达瓦奇昏庸无能、不得人心。

弘历果断抓住时机，于乾隆二十年（1755年）二月出兵，于五月进占伊犁。达瓦齐逃往南疆乌什，为乌什阿奇木伯克霍集斯擒获送交清军。当时北疆厄鲁特蒙古有四大部族，击败准噶尔后，清朝采取“众建而分其力”的政策，封阿睦尔撒纳等人分别为四部汗，释放被准部扣为人质的南疆伊斯兰教领袖大、小和卓木。

阿睦尔撒纳图谋当四部总汗未遂，于当年八月又发动反清起义。弘历又派兵镇压，阿睦尔撒纳多次使诡计逃脱追捕，在北疆再次起义。至乾隆二十二年（1757年），由于内讧加之北疆地区痘疫流行，起义军不战自溃。阿睦尔撒纳逃往哈萨克，后又逃入沙俄，染天花病死。沙俄将其尸体交给清朝。弘历认为准噶尔人反复无常、不可信任，平准过程中他命令对准噶尔人进行屠杀。在战争、瘟疫、屠杀多重打击下，除了早先归附清朝和逃亡他国的部众，再有妇女儿童被掳掠充赏外，准噶尔作为一个部族在新疆销声匿迹了。

被清军解救的小和卓木也参加了阿睦尔撒纳起义，兵败后投奔大和卓木和清朝对抗，乾隆二十三（1758年）至二十四年（1759年），清军在南疆人民的支持下，打败了叛军，大、小和卓逃奔巴达克山(今阿富汗东部)。清军派人与当地部族交涉，巴达克山部族首领执杀大、小和卓，把尸首送交清朝。清朝攻取了新疆地区，天山南北从此完全归入清朝的版图。

乾隆二十七年（1762年），弘历在新疆设伊犁将军，实行军府制，修筑城堡，驻扎军队；设置卡伦，巡查边界；移民实边，进行屯垦。巩固和完善了清朝对新疆地区的管辖。在南疆实行因俗而治，保留伯克制，但改由清廷任命。并设参赞大臣（驻叶尔羌）等官，分驻各城，加强统辖。制订《回部善后事宜》，对南疆管理体制做出改革。达瓦齐在乾隆三十九年（1774年）获赦，免死加恩封为亲王，入旗籍，赐地京师，充分显示了弘历怀柔远人的用心。

乾隆五十三年（1788年）与乾隆五十七年（1792年），弘历两次派兵反击廓尔喀进攻西藏，第一次清军作战不利，西藏政府接受屈辱条件而议和，向弘历谎报战功；不久廓尔喀兵再次进攻。第二次反击廓尔喀，弘历决心坚定，大将军福康安指挥果断，清军翻越喜马拉雅山连续作战，大败廓军，保卫了西藏领土。于乾隆五十八年（1793年）正月制订《钦定藏内善后章程》，规定驻藏大臣与达赖喇嘛地位平等，并制定“金瓶掣签”制度来认定达赖、班禅的转世灵童，加强了清帝国对西藏的管辖。

明末，厄鲁特蒙古四部之一的土尔扈特部离开他们世居的塔尔巴哈台（今塔城）西迁至俄国伏尔加河下游。乾隆三十五年（1770年），首领渥巴锡汗率领他们16.9万人踏上东归路程。他们越过千山万水，克服重重险阻，于翌年六月到达伊犁，到达时只有6.6万人。弘历十分重视土尔扈特部的东归，他不惧与沙俄开战威胁，令当时驻乌什任都统衔参赞的舒赫德前往伊犁协助伊犁将军安置他们。

土尔扈特部的回归为巩固中华统一的多民族国家，写下了可歌可泣的光辉篇章。